長崎の港を見渡すことのできるグラバー邸は、勤王の志士達のアジトとなった。グラバーは、坂本竜馬、桂小五郎（木戸孝允）、伊藤俊助（博文）、高杉晋作、小松帯刀、五代才助（友厚）、岩崎彌太郎など維新の志士や後の実業家を庇護し、彼等はその後の日本を動かした重要な人物となり明治政府実現の陰の功労者となった。これらの人物はいずれもグラバー邸深くに出入りしていたことが判明している。

　１９８７年に、グラバー邸の屋根裏から隠し部屋が発見されたが、中は意外と広く、かなりの人間が長期間潜伏する事が出来る造りとなっている。そこは竜馬をはじめとする幕末の志士達との密談の場所であり、潜伏の場所であった事が判明した。それが１９８７年迄発見出来なかったというから、如何に巧妙に造られていたかがわかる。

　グラバー商会が軌道にのり始めた時期、日本の国内政局は激動しつつあった。開国派と攘夷派が相対立し、尊王攘夷倒幕派と公武合体派、佐幕派の三つ巴の政争を繰り広げ始めていた。薩摩、長州藩が外国艦隊と一戦交え、その手強さを知らしめられていた。グラバーは、時代に戦乱の臭いを嗅ぎつけ、次第に取引の重心を茶の再生輸出から艦船や武器へと移していくことになった。

　１８６３（文久３）．９月、生麦事件の報復で、イギリス艦隊が鹿児島湾に侵入し、薩英戦争が始まった。この時、五代は松木弘庵（寺島宗則）とともに指揮していた蒸気船三隻を拿捕（だほ）され船を焼却された上、捕虜になっている。その失態を怒った同藩士から命を狙われ、五代はしばらく新築そうそうのグラバー邸の屋根裏に潜んでいた。

　この様な状況の中で、グラバーは、幕末回天運動を推進する志士達を支援し始め、「明日の日本を担う逸材」とコネクションを結び始める。グラバーは、長州藩の若きエリ−トであった伊藤博文（当時２３歳）、井上馨（２９歳）達５名を海外勉学の旅を斡旋している。陸奥宗光、黒田清隆らとも交流している。五代を中心とする薩摩藩の１９名の視察団を密航させ、その資金援助を行っている。「叛逆者の侍の第二団」（「トーマス・グラバー伝」アレキサンダー・マッケイ著、平岡緑訳）によれば、若き薩摩人たちを密かに出国させる段取りをつけるために上海に発ち、五代は薩摩藩家老・小松帯刀をつうじて、藩に上申書を提出する。小松はグラバーとは親しい間柄で、藩は、海外への留学生派遣をただちに決定している。

　１８６５（慶応元）年、幕府は、四国連合艦隊の下関砲撃、薩英戦争でアームストロング砲の威力を知り、、グラバーに２１門注文してきた。グラバーは早速英国から輸入したが、幕府の支払いが滞り、引き渡さずにいるうちに維新戦争が始まり、幕府注文の大砲が官軍の手に渡るという皮肉な一幕となった。

　グラバーは次第に西南雄藩の薩摩, 長州, 土佐, 佐賀、熊本藩との接触を深めていく。この時期、１８６５年にアメリカの南北戦争が終了し、不要となった艦船や銃が中国市場に大量に出回っていた。グラバーは、混沌とした政治状況の中で幕府、各藩が競って軍備の拡張に乗り出していることを見抜き、貿易商にとっては格好の市場であるとして「死の商人」へ舵を切る。

　グラバーが最初に艦船の輸入に携わったのは、１８６４(元治元)年の鉄製蒸気船・カーセージ号を佐賀藩に売却した時からで、以後１８６８年にグラバー商会が倒産するまでの５年間に２４隻（薩摩藩６隻、熊本藩４隻、幕府、佐賀藩、長州藩各３隻、宇和島その他５隻）、合計二十四隻、価額にして１６８万ドルの艦船を輸入している。これは長崎に輸入された艦船の３０％をしめ、２位のウォルス商会の８隻を大きく引き離していた。

　艦船の他にも武器の取引も行っている。１８６５（慶應元）年、幕府から７０ポンド先込砲１５門、１２ポンド後込砲１０門など合計３５門の大砲と弾丸７００トン（砲弾数１０万１２００発）、総額１８万ドル余の注文を受けアームストロング社へ発注している。小銃の輸入も１８６５年頃から急激に増加し、１８７０年迄に長崎で１７万２千挺、横浜で３２万８６００挺、合計約５０万挺が輸入された（イギリス領事の報告分のみ）。この期間中のグラバーの取引量の全体は不明であるが、１９６６〜１９６７年の２年間の長崎での小銃の取引量は３万３８７５挺で、このうちグラバーの取引量は１万２８２５挺(３８％)であったという報告がある。

　こうして、グラバー商会は､マセソン商会の強力な資金力を背景に、幕府に対立する薩摩藩や長州藩など西南諸藩に船舶や武器を売って巨額の利益をあげ、長崎最大の武器輸出貿易商として発展していくことになる。このことで、グラバーは､幕末日本の動向に深く関わっていくことになる。グラバーは､いわゆる武器商人として活躍したが、上海で盛んであったアヘン取引には手を染めていない。この事情は解明されていない。

　グラバーの日記には、竜馬が亀山社中の連中と度々グラバーを訪れている事が記録されている。海援隊の前身となった亀山社中からグラバー邸までは、歩いて５０分ほどの距離であり、維新の最大の逸材といわれた坂本竜馬は、グラバーの影響を受けていた。長崎で奉行所に追われて逃げ込んできた長州の桂小五郎（木戸孝允）を屋敷にかくまったうえ、夜陰にまぎれて自社の船で脱出させたこともあった。その桂逃亡に使った船はそのまま長州に売りつけている。

　１８６５（慶應元）年､ 大浦海岸に我が国初の蒸気機関車､ 英国製のアイアン・デューク号を試走させている。上海博覧会に出品された英国製の蒸気機関車アイアン・デューク号を輸入して、大浦海岸に三百メートルほどの線路を敷き、客車三両をつないで走らせてみせた。「ガラバさんが大浦で陸蒸気（おかじょうき）ば走らさす」の噂は長崎市中に広がって、連日、黒山の人だかりだった。「―汽笛一声新橋を　はやわが汽車　は離れたり…」の明治５年の新橋―横浜の鉄道開通よりも実に７年も早い日本デビューだった。

　１８６５（慶應元）年末、互いに反目しあう薩摩と長州の間を結びつけるために坂本竜馬等が銃・弾薬を調達し、伊藤博文、井上馨と共に、薩摩から融通を受けた船舶で、長州へ運んだ際に、グラバーが便宜を図っている。これが契機となって薩長は連合し討幕、王制復古へ大きく転換していく。

　薩長同盟の為の第一回の会議が行われると、グラバーは長州に対してミニエール銃とゲベール銃７３００丁と、軍艦ユニオン号を調達している。グラバーは、薩長同盟を裏で画策していた。グラバーは後に回想談を発表するが、その中で「薩長の間にあった壁を壊したのが、自分の最大の手柄」であり、「徳川政府の謀反人の中では、自分が最大の反逆人であった」と語っている。

　竜馬の「船中八策」の背後にはグラバーから学んだ西洋事情が反映している。あるいは「自由、平等、博愛」のフリーメーソン発想が反映されている。グラバーは、薩長同盟が成立した後、英国大使のパークスに対して徳川家は天皇家に政権を返上した方がいいと進言している。これが、勝海舟と西郷隆盛会談による江戸城無血開城の伏線となる。同時にグラバーも、徳川慶喜保護斡旋の願文を、外国軍勢総督宇和島侯と朝廷に差し出している。これは、大政奉還後も徳川慶喜を敵軍の将として処罰せず、新政府に参加させようとしていた竜馬の考えと通底している。

　１８６６（慶応２）．９月、薩英戦争を戦った薩摩と英国を和解させるため、英国公使ハリー・パークスの鹿児島訪問をお膳（ぜん）立てして自分も随行、大名なみのもてなしを受けている。このときのパークスと島津久光（藩主の父）との会談は、討幕の流れを左右する重要なものだった。明治になって、長州の毛利家が維新史「防長回天史」を編んだ際、編集人の取材に対しグラバーはこう語っている。当初、パークスは幕府の側に立っていたのだが、鹿児島で島津久光と会談してから態度をがらりと変えたと語り、

　グラバーは彼らの志と気概に打たれて討幕派に肩入れするようになり、とりわけ薩摩藩との関係を深めたことになる。日本の有為な若者たちの海外密航も相変わらず助けていた。薩摩藩の密航船が出港する直前には、急遽帰国した伊藤俊輔（博文）から西洋熱を吹き込まれた高杉晋作が、伊藤と二人分の資金を用意して密航の世話を頼みに来たが、いまは貴殿らは下関開港に努力すべきときだと、高杉らの密航を押しとどめている。その代わり、高杉が推す若者二名を密航させているし、そのほかにも佐賀藩士などを密航させ、長崎奉行所の詰問を受けたが、グラバーはひるまなかった。（「薩英和解お膳立て」参照）

　こうしてみれば、薩長同盟にも大政奉還にもグラバーが深く関与していることになる。この方面でのグラバー研究はもっと為されても良いように思われる。ちなみに、メーソン系の活動は一様ではない。フランスの全権大使として江戸に赴任したレオン・ロッシュは、「グランド・オリエント」（大東社）を代表し、幕府を援助した。横須賀製鉄所を開かせ、幕府の軍制改革に助力している。その反対に倒幕側についたのが、イギリスのメーソン（スコティシュ）のトーマス・ブレイク・グラバーであった、という構図になる。

　１８６６（慶応２）年、日本の近代化に力を貸そうとしていたグラバーは、親密な五代友厚の依頼で薩摩藩と共同して、長崎湾口に近い小菅（こすげ）にスリップ・ドックの建設に着手した。５４００坪の敷地は薩摩藩が負担し、工事費四万ドルはグラバーが出資、機材はアバディーンの工場に発注した。このドックは長さ百十フィート、幅二十四フィートのソロバン型で、修理船をレールに乗せて海面から引き上げる構造で、通称「ソロバン・ドック」と呼ばれた。この小菅修船所は長崎を造船の町とした発祥の地として、現在、その跡が史跡として保存されている。ドック建設中の慶応３年春には、土佐藩から長崎に派遣されてきた下級武士、岩崎弥太郎と親しくなった。これがグラバーと三菱財閥との縁の始まりで、彼の後半生を彩ることになる。　

　操業開始は維新が成った１８６９（明示２）．１月。すでに経営難に陥っていたグラバーは、その直前、明治新政府に１２万ドルで売り払っているが、薩摩藩への地代支払いその他で、グラバーが手にしたのは４万ドル弱であった。結局、実利はなかったが、長崎の地に近代的造船の種を蒔いたグラバーの功績は、小菅のソロバン・ドック跡に偲ぶことができる。（「討幕援助が倒産招く」参照）

　１８６８（慶応４）年初夏、官軍が勝利し、最後の将軍、徳川慶喜が江戸城を明け渡して水戸へ去ったこの年（９．８日、明治に改元）、グラバーはさらに新しい事業に手を伸ばした。彼は以前から長崎湾口の高島炭鉱に注目していたが、ようやく肥前藩の代表、松林源蔵を相手に、グラバー商会が高島炭鉱の開発に当たる協定書を取り交わすことに漕ぎつけた。

　日本で初めて電話線を敷いたのも彼であり、其の功績をあげたらキリがないほどである。

　しかしながら、グラバーは、最後の最後で一敗地にまみれる。ロンドンのグラバ−の友人から大量に兵器を買ったものの、幕末の政情は大政奉還以降急速に「明治維新御親政」で纏まり始め、内戦が回避されたことにより兵器の需要が伸びなかった。加えて、、薩摩藩を筆頭に有力諸藩への掛け売りが多かったが、諸藩は内戦で軒並み財政難に追い込まれ、グラバー商会への返済が滞るようになってしまった。諸藩からの資金回収が滞り、これにより結局大負債を抱える身と為った。更には、戦争が短期間で終わったため、武器、艦船が大量に売れ残り、長崎の大浦倉庫に山積みされる羽目となった。これが伏線となってグラバー商会が没落していくことになる。

　グラバーは、明治維新以降の政情に新たな関わりを見せている。明治新政府が樹立され、このような歴史の転換点に立って、グラバーは１８６７年頃から自身のビジネスを商業資本的な形態から産業資本への転換を図ろうとする。グラバーは、明治初期の経済産業の発展に大きく貢献しており、日本の近代化に大きな功績を残している。

　１８６８（明治元）．６月､ 佐賀肥前藩との共同出資により長崎の高島炭鉱開発に着手している。豊富な石炭は近代産業に不可欠のものであり、良質炭を多く埋蔵する高島炭鉱は巨大な富の源泉になると見抜いていた。高島は長崎の南西海上約１４．５�qの所にあり、当時は佐賀藩の支藩である深堀藩の所領で、１８世紀の始めごろから石炭の採掘が行われていた。炭鉱開発契約は、販売をグラバー商会が担当し、売上高から鉱山採掘料が佐賀藩に支払われ、その他経費を差し引いた利益は折半するというものであった。

　肥前藩との契約で経営権を握ったグラバーは、早速イギリス人技師モーリスを雇い入れ、イギリスの採炭機械を導入して、百五十尺の竪坑開さくに着手した。これが日本の炭坑史上、画期的な北渓井（ほっけいせい）坑で、明治二年四月、厚さ八尺の炭層に達し、本格的な採炭が始まった。

　資金のない佐賀藩は出資金はほとんど払わず、おまけに別に契約していた蒸気船ユージン丸と武器支払い残額も将来の佐賀藩の取り分から支払うというもので、グラバー商会の資金的負担は巨額なものであった。それでも、石炭需要の増大と炭鉱の将来性を見込んだグラバーは、近代的な採炭掘用機械設備をイギリスに発注し、イギリス人技師を雇い入れて立坑の開鑿に着手し、１８６９（明治２）．１２月、1年半に及ぶ難工事の末ようやく操業に成功した。

　グラバーは横浜のジャーディン・マセソン商会に多額の資金援助を受けていたが、返済できなければ、抵当として押さえていた高島炭鉱を流質処分にすると迫られた。窮したグラバーは明治３年８月、英国領事裁判所に破産を申告、ここに幕末動乱の風に乗って輝かしい歴史を綴ったグラバー商会は幕を閉じた。負債総額は５０万ドルに達していた。

　だが「グラバーは死せず」だった。グラバー商会は消えても、彼が開発した高島炭鉱との縁は切れず、実質的な経営者として残り、明治１４年（１８８１年）、岩崎弥太郎の三菱商会が経営権を握ると、弥太郎から高島砿業所所長に任命され、グラバーは後半生を三菱とともに歩むことになる。西欧の先進技術を導入して開発した高島炭鉱はやがて三菱商会のドル箱となり、その功績でグラバーは、高島炭鉱から去ったあとも、生涯、三菱の顧問として厚遇されることになる。

　グラバー商会の倒産後、高島炭鉱は最大の債権者であったオランダ貿易会社と佐賀藩の経営となった。炭鉱の操業は比較的順調で、明治３年には年産1,800トン以上の良質炭を生産し、アメリカ、フランス、ロシア海軍や太平洋郵船などの海運会社に対して販売するようになった。

　グラバーが高島炭鉱開発に着手した１８６８（明治元）同年、薩摩藩及び薩摩の五代友厚との共同出資で長崎・小菅に修船場建設に着手している。小菅修船場は船舶修理のためのソロバン・ドッグ（我が国最初の様式ドッグで、入江を利用したスリップ式造船施設）を持った工場で、これが日本の造船技術の始まりとなった。明治元年の完成とともに明治新政府に売却されている。

　グラバー商会による高島炭鉱計画は成功するかにみえたが、同商会を構成していたグラバー、グルーム、ハリソン、ホームの4名によるパートナーシップの期限が１８６９（明治２）．１２月末日に到来し、直ちに解散することとなった。グラバーが一人でその債務を引き継ぐこととなり、資金繰りが一挙に苦しくなり、１８７０（明治３）．８月、長崎のイギリス領事法廷で破産宣告され、倒産した。負債総額は８７．４００ドルであった。日本で初めて電話線を敷いたのもグラバであり、その功績をあげたらキリがないほどであると云われている。

　グラバーは、商会倒産後もしばらくの間高島炭鉱の操業に従事したが、貿易商の仕事からは身を引き、長崎クラブの書記やポルトガル領事を勤めるなど引続き長崎居留地自治会の指導的立場にあった。

　明治政府は、１８７３（明治６）年に日本坑法を公布して外国人の日本国内における鉱山所有権を禁止し、オランダ貿易会社より洋銀４０万ドルで高島炭鉱を買収した。その後後藤象二郎に払下げられた後、１８８１（明治１４）年に三菱の岩崎弥太郎が引き取り、わが国の最大の炭鉱へと発展していった。高島炭鉱は石炭から石油へのエネルギー転換により１８８６（昭和６１）．１１月に閉山されるまで貢献した。